001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.map 1 SNP1 0 55910 1 SNP2 0 85204 1 SNP3 0 122948 1 SNP4 0
001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file outcome --het --out test PLINK v1.90b6.26 64-bit (2 Apr 2022) www.cog-genomics.org/plink/1.9/ (C) 2005-2022 Shaun Purcell, Chris
DLI(直线标注) DAL(对齐标注) DRA(半径标注) DDI(直径标注) DAN(角度标注) DCE(中心标注) DOR(点标注) TOL(标注形位公差) DBA(基线标注) DCO(连续标注) D(标注样式) LE(快速引出标注) DED(编辑标注)
1、R实现 dat <- read.table("outcome.ped") name1 <- c("FID", "IID", "PAT", "MAT","SEX", "PHENOTYPE" ) name2 <- dat[,1:6] name3 <- rbind(name1, name2) dat <- dat[,-(1:6)] c
杂合度计算分为两种：位点杂合度和样本杂合度 1、计算位点杂合度，测试数据如下: [root@centos79 test]# ls outcome.map outcome.ped [root@centos79 test]# cat outcome.map ## 8个snp位点 1 snp1 0 55910 1 snp2 0 85204 1 snp3 0
