plink 软件中 --het参数

2022-07-12 22:33:19 阅读：132 来源： 互联网

标签：het 19263 plink 04 -- test DOR 1.257

001、

root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls
outcome.map  outcome.ped
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file outcome --het --out test
PLINK v1.90b6.26 64-bit (2 Apr 2022)           www.cog-genomics.org/plink/1.9/
(C) 2005-2022 Shaun Purcell, Christopher Chang   GNU General Public License v3
Logging to test.log.
Options in effect:
  --file outcome
  --het
  --out test

16007 MB RAM detected; reserving 8003 MB for main workspace.
.ped scan complete (for binary autoconversion).
Performing single-pass .bed write (21542 variants, 20 people).
--file: test-temporary.bed + test-temporary.bim + test-temporary.fam written.
21542 variants loaded from .bim file.
20 people (0 males, 0 females, 20 ambiguous) loaded from .fam.
Ambiguous sex IDs written to test.nosex .
Using 1 thread (no multithreaded calculations invoked).
Before main variant filters, 20 founders and 0 nonfounders present.
Calculating allele frequencies... done.
Total genotyping rate is exactly 1.
21542 variants and 20 people pass filters and QC.
Note: No phenotypes present.
--het: 19263 variants scanned, report written to test.het .
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls
outcome.map  outcome.ped  test.het  test.log  test.nosex
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat test.het
 FID  IID       O(HOM)       E(HOM)        N(NM)            F
 DOR    1        12374    1.257e+04        19263     -0.02885
 DOR    2        13047    1.257e+04        19263      0.07166
 DOR    3        11857    1.257e+04        19263      -0.1061
 DOR    4        12037    1.257e+04        19263     -0.07918
 DOR    5        12558    1.257e+04        19263     -0.00137
 DOR    6        12152    1.257e+04        19263       -0.062
 DOR    7        11860    1.257e+04        19263      -0.1056
 DOR    9        12607    1.257e+04        19263     0.005948
 DOR   10        11988    1.257e+04        19263      -0.0865
 DOR   11        12692    1.257e+04        19263      0.01864
 DOR   12        11958    1.257e+04        19263     -0.09098
 DOR   13        12396    1.257e+04        19263     -0.02556
 DOR   14        12080    1.257e+04        19263     -0.07276
 DOR   15        11938    1.257e+04        19263     -0.09396
 DOR   16        12414    1.257e+04        19263     -0.02288
 DOR   17        11979    1.257e+04        19263     -0.08784
 DOR   18        12288    1.257e+04        19263     -0.04169
 DOR   19        12247    1.257e+04        19263     -0.04782
 DOR   20        12790    1.257e+04        19263      0.03328
 DOR   22        12334    1.257e+04        19263     -0.03482

002、F来源：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/basic_stats#ibc

003、验证：

root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls
outcome.map  outcome.ped  test.het  test.log  test.nosex
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat test.het
 FID  IID       O(HOM)       E(HOM)        N(NM)            F
 DOR    1        12374    1.257e+04        19263     -0.02885
 DOR    2        13047    1.257e+04        19263      0.07166
 DOR    3        11857    1.257e+04        19263      -0.1061
 DOR    4        12037    1.257e+04        19263     -0.07918
 DOR    5        12558    1.257e+04        19263     -0.00137
 DOR    6        12152    1.257e+04        19263       -0.062
 DOR    7        11860    1.257e+04        19263      -0.1056
 DOR    9        12607    1.257e+04        19263     0.005948
 DOR   10        11988    1.257e+04        19263      -0.0865
 DOR   11        12692    1.257e+04        19263      0.01864
 DOR   12        11958    1.257e+04        19263     -0.09098
 DOR   13        12396    1.257e+04        19263     -0.02556
 DOR   14        12080    1.257e+04        19263     -0.07276
 DOR   15        11938    1.257e+04        19263     -0.09396
 DOR   16        12414    1.257e+04        19263     -0.02288
 DOR   17        11979    1.257e+04        19263     -0.08784
 DOR   18        12288    1.257e+04        19263     -0.04169
 DOR   19        12247    1.257e+04        19263     -0.04782
 DOR   20        12790    1.257e+04        19263      0.03328
 DOR   22        12334    1.257e+04        19263     -0.03482
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# awk 'NR != 1{print ($3 - $4)/($5 - $4)}' test.het
-0.0292843
0.0712685
-0.106529
-0.0796354
-0.00179292
-0.0624533
-0.106081
0.00552816
-0.0869565
0.018228
-0.0914388
-0.0259973
-0.0732108
-0.094427
-0.0233079
-0.0883012
-0.0421336
-0.0482594
0.0328702
-0.0352607

004、 O(HOM)、E(HOM)、N(NM)如何计算

标签：het,19263,plink,04,--,test,DOR,1.257
来源： https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/16472031.html

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