标签:faidx samtools log picard echo dict t1
Picard CreateSequenceDictionary
creates .dict file and samtools faidx
creates a .fai file. Both are needed for GATK
date bwa index t1.fa 2>t1.bwa.index.log && echo "bwa_indexs built" samtools faidx t1.fa 2>t1.samtools.faidx.log && echo "faidx built" java -jar /xxx/picard.jar CreateSequenceDictionary REFERENCE=t1.fa OUTPUT=t1.dict.new 2>picard.CreateSequenceDictionary.log && echo "dict built" date
标签:faidx,samtools,log,picard,echo,dict,t1 来源: https://www.cnblogs.com/yuanjingnan/p/11234016.html
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