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  • fatal: unable to access 'https://github.com/samtools/htslib/': GnuTLS recv error (-54): Er2022-09-16 23:02:00

      001、问题 root@ubuntu01:/home/software# git clone https://github.com/samtools/htslib Cloning into 'htslib'... fatal: unable to access 'https://github.com/samtools/htslib/': GnuTLS recv error (-54): Error in the pull function.

  • ATAC-seq实战代码2022-08-08 08:00:56

    自己整理,测试完全可用。从直接下载数据到一般的出图 #!/usr/bin/bash #ly_20211215_atac-seq pepiline #从下载数据到分析出图的一般流程 ###################################### start_time=$(date +%s) #必要索引文件 bt2_index=/home/data/ssy49/data/index/mm10 #一些物种

  • Bam文件2022-07-14 15:04:57

    Bam文件 2022-07-14 在处理NGS下机数据时,通常会涉及到比对结果的查看,这需要对比对后的文件比较熟悉,下流的分析模块也需要用到比对输出的结果文件。通常存储为Bam格式的文件,Bam格式是一种二进制存储文件,转化为文本格式后对应于Sam文件。Sam文件记录了reads比对后的结果信息。具体的

  • 解决samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file2022-06-10 11:34:04

    感谢: 记得叫我写教程 参考了他的解决方法! 解决方法:https://blog.csdn.net/ET_April/article/details/111405941   今天使用samtools的时候突然就出现了这个问题: samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file 开始是

  • 利用samtools对参考基因组构建索引fai文件2022-04-27 10:00:37

      1、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# samtools faidx Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TA

  • Samtools报错解决方案【samtools: error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0: cannot open shared obj2022-04-04 14:03:28

    辣鸡conda,总莫名其妙整出一些事故;之前在其他环境安装过Samtools,可以正常使用,但新建虚拟环境后重新安装,报以上错误; 报错原因:未找到库文件libbz2.so.1.0;怀疑是conda安装samtools是跳过了这个库的安装【查看之前可以正常使用的samtools版本,和现在安装的版本不同】; 解决方案:将软件所需

  • 生信步骤|转录组测序上游分析:hisat2+samtools+stringtie2022-01-12 13:00:14

    转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富,本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。在这里小编整理了一下此套组合的执行流程,以供日后查阅;同时分享在平台,如果能帮助到更多初学者,小编将不甚荣幸,如有谬误也希

  • linux下samtools安装2021-11-30 11:02:22

    首先下载安装包并解压: wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2 tar -xzvf samtools-1.9.tar.bz2 进入samtools文件夹: cd samtools-1.9 安装: ./configure make sudo make install 如果是非root用户: ./configure --prefix=/

  • BGI-College生信入门2——什么是数据?2021-11-29 11:05:01

    从直觉上看,数据貌似很好理解,但真正要说清楚数据这个词却有点困难。 想一想,数据到底是什么呢? 数据的定义实际上包含两方面内容,即信息的符号和设计。 其中信息的设计,也就是数据的格式,决定了读者从中获取有效信息的难易程度。 人们经常忽略的一个事实——数据的格式和数据本身同等

  • conda安装samtools2021-05-26 14:59:36

    参考文档: link1写的很棒 link2 error: samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory 通过ldd查看samtools依赖了哪些工具。 $ ldd `which samtools` linux-vdso.so.1 => (0x0000

  • 实验记录 | samtools的安装2021-05-06 22:30:47

    由于canda直接安装samtools执行失败,本次选择手动编译安装最新版的samtools。 1。下载samtools安装包。 官网下载链接:https://github.com/samtools/samtools/releases/tag/1.12 点击蓝色字体链接,下载tar.bz2格式的文件,源文件并不是很全。 下载完成之后,将其保存在指定目录下,打

  • linux下无root源码安装软件2019-10-30 21:02:31

    先进入源码文件夹下指定安装路径   ./configure --prefix=/public/home/ztu/usr/samtools 编译 make 安装 make install 写入环境变量 vim ~/.bashrc 键入: export PATH=$PATH:/public/home/ztu/usr/samtools/bin/ wq保存更改退出vim   再激活: source .bashrc 正

  • CentOS 7 上CNVnator安装2019-08-22 15:57:46

    1、到github上下载最新版本 https://github.com/abyzovlab/CNVnator/releases 2、先看INSTALL文件,要求以下依赖,我的机器上已经安装了前两个,所以直接跳过,这里我就不提了 GNU make C compiler (e.g. gcc or clang) CERN ROOT (https://root.cern.ch) samtools with HTSli

  • 生信软件安装2019-08-09 13:38:33

    软件安装 wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2 bunzip2 samtools-1.9.tar.bz2 tar -xvf samtools-1.9.tar cd samtools-1.9 sudo apt-get install libbz2-dev sudo apt-get install zlib1g-dev apt-get install -y libl

  • picard2019-07-23 19:51:37

    Picard CreateSequenceDictionary creates .dict file and samtools faidx creates a .fai file. Both are needed for GATK datebwa index t1.fa 2>t1.bwa.index.log && echo "bwa_indexs built"samtools faidx t1.fa 2>t1.samtools.faidx.log &

  • Patchwork(2013年)--CNV检测方法流程2019-03-15 09:48:16

    文章题目:Patchwork: allele-specific copy number analysis of whole-genome sequenced tumor tissue 特点: 可以检测配对样本,也可以检测带reference的tumor样本。但是没有考虑肿瘤异质性问题。使用DNAcopy包的CBS分割,control-freec的GC校正方法。bin size=200bp。 http://patchwork

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