如何在python中绘制300万个圆圈

2019-11-19 12:55:32 阅读：360 来源： 互联网

标签：pandas matplotlib memory data-visualization python

我在熊猫数据框中有许多(〜3M)圆的数据集(每个圆都有x,y和od属性).我想将它们相互绘制以可视化图案

我以前使用较小的数据集(大约15,000个圆圈)完成了此操作,但现在似乎很king琐(到我只有几十万的时候,内存就增加到了16GB)

df是数据框
plt是matplotlib.pyplot

ax2=plt.gca(xlim=(-.25,.25),ylim=(-0.25,0.25))

for i,row in df.iterrows():
    x=row.X_delta
    y=row.Y_delta
    od=float(row.OD)
    circle=plt.Circle((x,y),od/2,color='r',fill=False,lw=5,alpha=0.01)
    ax2.add_artist(circle)

有什么想法可以提高内存效率吗？

解决方法:

在一个图中绘制所有300万个圆圈似乎不是一种可行的方法.这是一个只有1000个圆圈的示例(example by matt_s之后)：

相反,我建议减少画圆的数量,使其达到合理的值,例如50或100.一种方法是在数据集中运行KMeans,以按坐标和直径对圆进行聚类.下图举例说明了100,000个随机圆的聚类.这应该很容易扩展到300万个圈子.

标记的尺寸表示直径(s,按比例缩放以适合图表),颜色表示每个聚类中心的圆数(c).青年汽车

用于绘制第一个图表的代码(ipython)

%matplotlib inline
import pandas as pd
import numpy as np
n = 1000
circles = pd.DataFrame({'x': np.random.random(n), 'y': np.random.random(n), 'r': np.random.random(n)},)
circles.plot(kind='scatter', x='x', y='y', s=circles['r']*1000, c=circles.r * 10, facecolors='none')

用于绘制第二张图表的代码(ipython)

%matplotlib inline
from sklearn.cluster import KMeans
import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
import numpy as np
# parameters
n = 100000
n_clusters = 50
# dummy data
circles = pd.DataFrame({'x': np.random.random(n), 'y': np.random.random(n), 'r': np.random.random(n)})
# cluster using kmeans
km = KMeans(n_clusters=n_clusters, n_jobs=-2)
circles['cluster'] = pd.Series(km.fit_predict(circles.as_matrix()))
# bin by cluster
cluster_size = circles.groupby('cluster').cluster.count()
# plot, using #circles / per cluster as the od weight
clusters = km.cluster_centers_
fig = plt.figure()
ax = plt.scatter(x=clusters[:,0], y=clusters[:,1], # clusters x,y
                 c=cluster_size, #color
                 s=clusters[:,2] * 1000, #diameter, scaled
                 facecolors='none') # don't fill markers
plt.colorbar()
fig.suptitle('clusters by #circles, c/d = size')
plt.xlabel('x')
plt.ylabel('y')

标签：pandas,matplotlib,memory,data-visualization,python
来源： https://codeday.me/bug/20191119/2036287.html

本站声明： 1. iCode9 技术分享网（下文简称本站）提供的所有内容，仅供技术学习、探讨和分享；
2. 关于本站的所有留言、评论、转载及引用，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关；
3. 关于本站的所有言论和文字，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关；
4. 本站文章均是网友提供，不完全保证技术分享内容的完整性、准确性、时效性、风险性和版权归属；如您发现该文章侵犯了您的权益，可联系我们第一时间进行删除；
5. 本站为非盈利性的个人网站，所有内容不会用来进行牟利，也不会利用任何形式的广告来间接获益，纯粹是为了广大技术爱好者提供技术内容和技术思想的分享性交流网站。

ICode9

如何在python中绘制300万个圆圈