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  • 第一题2022-09-07 16:01:07

    # 窗口拆分 test.bed 需要修改bedtools makewindows -g test.bed -w 100000 -s 100000 >> 100k_window.bed# tumor coverage countbedtools coverage -a 100k_window.bed -b tumor.bam > tumor.counts.txt# normal coverage countbedtools coverage -a 100k_window.bed -

  • 论文学习 Dilated Inception U-Net (DIU-Net) for Brain Tumor Segmentation 12021-08-19 20:35:14

    好记性不如烂笔头 边学习边记录1 主题:脑肿瘤分割 使用基于Unet的端到端的网络结构,在扩张和紧缩路径中加入了Inception模块和空洞卷积。 数据集:Tumor Segmentation (BraTS) 2018 dataset 结论:该方法对神经胶质瘤三个子区中的两个(肿瘤中心和整个肿瘤的分割)的分割效果有所提升。

  • 一个实验设计项目2021-07-26 00:02:16

    随机生成小鼠肿瘤生长数据 想要模拟真实世界的情况本身就非常困难。受限于本人数学水平,勉强生成一批均值和方差不断增大的数据,来模拟小鼠肿瘤生长的情况。在这过程中,参考了一些肿瘤方面的文章。 TEM8 marks neovasculogenic tumor-initiating cells in triple-negative breas

  • 实验记录 | mutect问题详解:No tribble type was provided on the command line and the type of the file?2021-06-19 09:31:41

    出错详情: /home/xxzhang/workplace/software/java/jdk1.7.0_80/bin/java -Djava.io.tmpdir=./output_RNA/mutmp -Xmx31g -jar /home/xxzhang/workplace/QBRC//somatic_script/mutect-1.1.7.jar --analysis_type MuTect --reference_sequence ./geneome/hg19/hg19.fa --dbsnp

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