TAIR10

bwa软件对参考基因组构建索引文件2022-04-28 00:35:18

1、当参考基因组大于2G时（约20亿个核苷酸，20,0000,0000）：bwa index -a bwtsw xxx.fa 小于2G时（约20亿个核苷酸，20,0000,0000）：bwa index xxx.fa 2、统计参考基因组碱基数目 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42
利用picard对参考基因组构建dict文件2022-04-27 10:02:23

1、方式1 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# java -jar /home/software/picard/build/libs/picard.jar CreateSequenceDictionary R=Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.t
利用samtools对参考基因组构建索引fai文件2022-04-27 10:00:37

1、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# samtools faidx Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TA

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