蛋白质 一般定义 蛋白质是由氨基酸以“脱水缩合”的方式组成的多肽链经过盘曲折叠形成的具有一定空间结构的物质。 一种蛋白质的序列由编码该蛋白质（或编码该蛋白质的一部分，对于多亚单位蛋白质）的基因的DNA决定。 胰岛素激素蛋白质结构： image credit: OpenStax Biology. 基因DNA序
细胞器（organelle）是细胞内具有特定形态结构和功能的微器官，也称为拟器官或亚结构，一般存在于真核细胞和原核细胞的细胞质中。在真核细胞中，细胞器通常由磷脂双层分开包裹。类似于身体的器官，细胞器是专门执行正常细胞操作的功能单位，其功能比较广泛，包括从为细胞产能到控制细胞生长和繁
1.“Multifaceted protein–protein interaction prediction based on Siamese residual RCNN” 1.1PPI任务的难点： （1）蛋白质的表征需要一个模型来有效地过滤和聚合它们的局部特征，同时保留重要的上下文和序列的氨基酸信息 (2)扩展深度神经结构经常导致低效的学习过程，并遭受臭名
最近读取一个数据时，报如标题的错误。 args[1] <- "RT_10-VS-RT_0" all <- read.delim(paste0(args[1],".xls"),header = T,check.names = F) dat <- all %>% dplyr::select(Protein_ID,starts_with("Ratio"),starts_with("Qvalue"),star
Loppinha loves to go to the gym with his friends. He takes his training sessions very seriously, and he always follows his schedule very strictly. He just created a new plan where he has set exactly what he is going to do at every single one of the N minu
前言 做RNA-seq基因表达数据分析挖掘，我们感兴趣的其实是“基因互作”，哪些基因影响了我们这个基因G，我们的基因G又会去影响哪些基因，从而得到基因调控的机制。 直觉确实是很明确的，但是细节处却有很多问题。 我们讨论的到底是基因表达的互作，还是基因产物的互作？ ------------ 对于蛋白编
做生物信息，遗传发育，分析数据的时候总是要narrow down分析范围，高通量数据尤其是基因表达，在庞大的confounder面前，缩小分析范围是必须的，否则你会一直在混沌中游荡。 看一篇文章：2018 - Identification of genes associated with Hirschsprung disease, based on whole-genome sequen
PDB(Protein Data Bank)是一种标准文件格式, 其中包含原子的坐标等信息, 提交给 Protein Data Bank at the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) 的结构都使用这种标准格式. 这里整理网上已有的一些资料, 对PDB格式做个简短介绍. 对大多数用户而言, 了解
