毕设过程中安装r包的一些记录 目前还在做毕设，等做完了看能不能来个总结的。 这期记录安装r包的一个技巧。 出现问题如下： install.packages(“pcaMethods”) Warning in install.packages : package ‘pcaMethods’ is not available for this version of R
RStudio中使用BiocManager安装包 install.packages("BiocManager") install.packages("ggplot2") 安装对应版本的Rtools 详细指导说明 安装连接 安装完成后，使用命令安装KEGGREST以及所需要的相关包 BiocManager::install("KEGGREST") BiocManager::install("fmcsR") devtoo
DESeq2：基于负二项式模型的高通量测序数据基因差异表达分析。 1. 读入基因表达谱数据 # if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) # install.packages("BiocManager") # # BiocManager::install("DESeq2") # setwd(work_dir) # count_df <- read.csv(file,r
R4.1.0版本安装synbreed包 R更新到4.1.0后安装synbreed包报错了 package '***' is not available for this version of R 到官网去看了下，有最新的更新包，好耶！ヾ(✿ﾟ▽ﾟ)ノ（http://synbreed.r-forge.r-project.org/） 输入命令 install.packages("synbreed",repos="http://r-forg
系列文章目录 单细胞测序流程（一）简介与数据下载 单细胞测序流程（二）数据整理 单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图 单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA 单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因 单细胞测序流程（六）单细胞的细胞类型的注
获取单细胞测试数据 # devtools::install_github("satijalab/seurat-data") library(SeuratData) # AvailableData() # InstallData("pbmc3k.SeuratData") data(pbmc3k) exp <- pbmc3k@assays$RNA@data dim(exp) # exp[1:5,1:5] table(is.na(pbmc3k$
一个重要的闭环： 机器学习-数据挖掘的流程（CRISP-DM）：围绕数据进行如下6个活动进行闭环式地探索活动 商业理解 数据理解 数据准备 建立模型 模型评估 方案实施 一个重要的概念： 特征工程：最大限度地从原始数据中提取特征以供算法和模型使用，包括如下几个主要部分： 数据预处理：标准
win10-R语言3.6.2-Bioconductor依赖管理&&KEGG富集分析&&通路图&&pathview报错解决 一、环境准备 下载安装包（64位），（如果没有翻墙，选择国内的源进行下载）链接如下： https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/R-3.6.2-win.exe 其他版本可以打开https://mirrors
安装R包常见报错 新手在安装R包的过程中，经常性的会遇到一些问题，我认为常见的有以下几种: 中文用户名导致的报错 如：Fatal error: ERROR system error 5；所以在学R之前建议将电脑用户名改为英文的，以后的学习中各种文件命名也尽量使用英文，毕竟人家老外开发的软件。该报错的解决方案
这几天发现我的BiocManager使用不了了: Bioconductor version '3.8' is out-of-date; the current release version '3.9' is available with R version '3.6' 一直提示这个问题,后来我在github的项目 issue里找到了解决方式 BiocManager::install(version="3.9")
