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  • rMATS输出结果文件只有表头2020-11-10 22:00:29

    问题 我在用rMATS turbo做可变剪切分析。然而运行程序发现输出结果文件里只有表头: 解决方法1 这个问题在软件github有几个issues提到过类似问题,如 most output files with only a header 说可能是由参数--readLength设置得和实际的read长度不符导致的。加个参数--variable-read-l

  • [生信资源与实践】第一次上机-Linux基础命令&RNA_seq2020-10-22 23:31:53

    linux 技巧 自动补全:在敲出 文件/目录/命令 的前几个字母之后,按下 tab 键 按 上/下 光标键可以在曾经使用过的命令之间来回切换 如果想要退出选择,并且不想执行当前选中的命令,可以按 ctrl + c 基础命令 命令 功能 man command 查阅 command 命令的使用手册,man 是 manual 的缩

  • WGS和宏基因组混样测序-判断和host基因组的乘深和覆盖度--202001052020-01-15 10:38:10

    WGS和宏基因组混样测序-判断和host基因组的乘深和覆盖度 数据准备 在前期已经做好map到host基因组的步骤以后 (使用了hisat2)得到的 ID.hisat2.bam文件 第一步:sort 因为我们下一步要用的samtools depth的功能需要sorted的bam文件,操作如下: samtools sort ID.hisat2.bam ID.his

  • BizTalk增强型RosettaNet跟踪报告2019-11-10 17:52:23

      BizTalk 的数据报表能力一直是比较弱的,好在Rosettanet 支持使用BAM 跟踪功能来跟踪各PIP消息状态。增强的跟踪功能能跟踪流程为消息、错误和事件、不可否认性的数据。可以根据跟踪的数据判断PIP或ACK消息的发送或接收结果。方便与业务方调试。   开启办法 右击加速器属性选择

  • FPM-OVP增强实例-银行账户2019-08-29 15:05:15

    本文是基于NWBC银行账户信息进行增强,相关过程如下: 1.定位需要增强的界面  首先登陆SAP-GUI(尽量EN登陆,ZH可能乱码),输入TCODE:NWBC跳转到浏览器界面,新建银行账户:   注意上图中的三个红框区域,可点击Configuration对应链接进行查看。  WD Application:FPM应用程序名  Start WD Comp

  • RNA-seq分析htseq-count的使用2019-05-14 15:49:31

    RNA-seq分析htseq-count的使用 HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing data。自发布以来就备受广大分析人员青睐,其提供了许多功能给那

  • Patchwork(2013年)--CNV检测方法流程2019-03-15 09:48:16

    文章题目:Patchwork: allele-specific copy number analysis of whole-genome sequenced tumor tissue 特点: 可以检测配对样本,也可以检测带reference的tumor样本。但是没有考虑肿瘤异质性问题。使用DNAcopy包的CBS分割,control-freec的GC校正方法。bin size=200bp。 http://patchwork

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