大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 N6‐methyladenosine也就是我们平时所说的m6A甲基化修饰，是RNA最关键的内部修饰之一，是真核生物丰富和调节遗传信息的一种保守的转录后机制。这种修饰在植物中的范围和功能一直是研究的热点，特别是在模式植物系统
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 本期，我们讲讲甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。 一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期我们来聊聊一直以来备受关注的DNA甲基化。 关键词：DNA甲基化；基金；临床科研 （DNA甲基转移酶DNMT靶向特定基因组特征。https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31815535/） （DNA甲基转移酶DNMT靶向特定基因组特征。https://pubme
神经元，又称神经细胞，是构成神经系统结构和功能的基本单位。通常情况下，哺乳动物的神经元类型是通过它们的结构、电生理学和连接性来识别的。因此，科学家们希望找到一种分子方法来直接鉴定出具有不同功能的神经元群体。早在2017就有科学家在Science上发表了一篇利用单细胞甲基
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。DNA甲基化在植物基因组中以CG、CHG和CHH三种碱基序列的胞嘧啶上发生（H=A，T或C），甲基化转移酶包括DRM，CMT和MET等。在植物中，DNA胞嘧啶的甲基化会导致基因表达的改变和转座因子的失活，修饰状态的改变可能产生具有不同表
目录 摘要方法与工具操作流程组装比对注释 结果展示basemodsmotif 总结 摘要 前段时间特别忙，一个是项目多，另一个是个人私事，临近月底终于有空可以继续码文章。本篇介绍的是三代甲基化的基本流程分析。在测序时分析序列的甲基化修饰后，使用SMRT官方工具进行分析，得到m4C,m6A,
MeDIP技术特别适用于高通量测序以及芯片杂交检测。(MeDIP or mDIP) ，DNA甲基化免疫共沉淀技术，是一个大范围的染色体或基因组纯化技术，在分子生物学中被用于富集DNA甲基化序列。它采用抗体或甲基化DNA结合蛋白来捕获富集甲基化DNA的技术，这种技术可以发现基因组中高度甲基化的区域，
欢迎关注”生信修炼手册”! DNA 甲基化作为重要的表观遗传学的标记，能够调控基因的表达，在生长发育和疾病相关研究领域都有着重要意义。测定甲基化的手段有很多，芯片作为一种成熟的手段，其稳定性，可重复性以及性价比，使得在DNA甲基化研究领域芯片占据了半壁江山。 对于human来说，目前主
易点评 急性髓系白血病(AML)是一种复杂的分子疾病，具有异质性的肿瘤遗传学特征，涉及多种致病机制。在本研究中，作者对649例AML患者进行了全基因组DNA甲基化测序。整合的遗传分析数据显示，大多数类型与某种反复发生的突变有关。对DNA甲基化模式进一步分析发现，各个类型之间存在着独
一、DNA甲基化简介 1 、概念：DNA甲基化是一种重要的表观遗传，是指DNA被化学小分子修饰的一种方式，即甲基（-CH3）共价结合到脱氧核糖核苷酸上，可以不改变脱氧核糖核苷酸序列而引起基因表达的的改变。 2 、发生位点：真核生物常见的甲基化位点有CpG（最主要）、CHG（H指A/T/C）、CHH等，而胞嘧啶的C-5甲
本周最新文献速递20210328 一 文献题目： Assessing the role of genome-wide DNA methylation between smoking and risk of lung cancer using repeated measurements: the HUNT study 不想看英文题目： 通过重复测量评估全基因组DNA甲基化在吸烟与肺癌风险之间的作用：HUNT研究 杂
前言REMP是一个通过学习周围遗传和表观遗传信息来预测不同基因座中性重复元件（RE）的DNA甲基化机器学习的工具。这些工具提供了使用基于阵列或基于测序的平台难以测量的RE的基因组或单碱基分辨率DNA甲基化预测，通过使用REMP能够进行表观遗传学关联研究（EWAS）
前言差异甲基化区域（DMR）的检测是表征不同表观遗传状态的必要先决条件。 文章提出了一个新的程序，metilene，以较高的特异性和敏感性识别全基因组和目标数据中的DMR。与二维统计测试相结合的二进制分割算法，可以在几分钟内检测多组样本的DMR。metilene优于其
摘要高等生物转录组的主要部分包括广泛的长非编码RNA（lncRNA），具有细胞类型和发育阶段表达特异性。虽然lncRNAs是表观遗传基因表达调控的组成之一，但是lncRNA本身的表观遗传调节仍然知之甚少。在此，本文分析了四种不同细胞类型和代表不同细胞阶段的三种不同
各企事业单位：表观遗传学是后基因组时代生命科学研究的前沿。有越来越多的证据表明，由核小体、DNA甲基化、组蛋白修饰构成的表观基因组对癌症、阿尔茨海默症、孤独症和心脏病起到了一定的作用。随着实验技术的进步，产生了海量的表观基因组数据，从这些数据中挖掘生物学特征对理解生命的
液体活检几年来成为该领域研究的重中之重。通过血液中微量的肿瘤标记物探测肿瘤情况十分困难。肿瘤组织在生长过程中，其中的一些肿瘤细胞会随着血液、淋巴液循环进入到整个体循环当中，因此探测这些游离的肿瘤细胞则可以十分有效的检测到人体究竟是否有肿瘤存在。但是如何将这些循
原文：https://zhenglei.blog.csdn.net/article/details/108509052 一、什么是DNA甲基化 DNA甲基化是一个生物过程，它会在在DNA分子中引入甲基化基团，但是甲基化并不会改变序列本身，而会改变DNA片段的活性。 在哺乳动物中，DNA甲基化对于正常发育必不可少，而且与很多生物学现象有密切联
在构成人体的DNA的分子中，只有一小部分（约3%）是由基因、基本的构建基块或我们的身体组成的，其余的被认为是暗物质，因为它似乎没有什么生物学意义。在这个区域之外，最重要的是由科学家称之为转座子或转座子（TEs）的移动基因元件组成的，在整个进化过程中，这些TEs基本上通过自身复制和粘贴
表观遗传学特别是DNA修饰的研究已成为后基因组时代生命科学领域关注的热点。近年来，随着康奈尔大学第一篇RNA腺苷N6位置甲基化（m6A）图谱的绘制及其在mRNA普遍存在的发现，转录修饰这一未开垦的学术领域，逐渐成为生物医药界争相挖掘的新领地。 目前单就RNA甲基化来说，已知的修饰就已
这篇应该是甲基化QC的最后一篇啦。 感谢健明带入门。 我前面已经写完两篇： QC1:甲基化数据QC：使用甲基化数据计算样本间的相关性 QC2:甲基化数据QC: 使用甲基化数据推测SNP基因型（ewastools工具） 下面补充一下对甲基化样本和CpG位点QC的总流程： 1、导入、加载安装包 if (!requireNamesp
本周最新文献速递 一 文献题目：Clonal Myelopoiesis in the UK Biobank Cohort: ASXL1 Mutations Are Strongly Associated With Smoking 不想看英文题目：UK Biobank克隆性造血研究：ASXL1突变与抽烟密切相关 杂志和影响因子：Leukemia (IF: 9.944) 样本量：采自UKBiobank的502,524人，表
一 文献题目：Single-cell RNA-seq analysis of the brainstem of mutant SOD1 mice reveals perturbed cell types and pathways of amyotrophic lateral sclerosis. 不想看英文题目：SOD1突变小鼠脑干的单细胞RNA序列分析揭示了肌萎缩性侧索硬化的细胞类型和途径。 背景：肌萎缩性侧索
meQTL.pl # 导入 -> 系统 package $|=1; use warnings; use strict; use Encode qw/decode/; use File::Spec; use Getopt::Long; use Statistics::R; use Excel::Writer::XLSX; # 定义 -> 常量 use constant SCRIPTDIR => (File::Spec->splitpath(File::Spec->r
题目：Deep Protein Methylation Profiling by Combined Chemical and Immunoaffinity Approaches Reveals Novel PRMT1 Targets （结合层析法和免疫沉淀法的蛋白甲基化的深度检测技术发现了PRMT1新的靶标蛋白） 期刊名：Molecular & Cellular Proteomics (MCP) 发表日期：2019.11.1 IF: 4.8
DNA甲基化相关定义 DNA甲基化一直以来都是表观遗传学领域研究的重点之一。DNA甲基化（Methylation）是指在DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase, 缩写DNMT）的作用下，基因组DNA序列上CpG岛的二核苷酸5′端胞嘧啶转变为5′甲基胞嘧啶（5′ methylcytosine, 缩写5mC）。这种DNA修饰的方式并未
