GMOD（Generic Model Organism Database） 是专为生物学家创建的开源项目，生物学家用作存储库和工具的交互应用程序和数据库的集合。 连通性是GMOD的关键。生物信息学应用程序和数据库大量产生，但其中许多工具很少使用，因为用户可能缺乏将工具连接到他们数据所需的资源或专业知识。GMOD
目录Hortic Res | 武汉大学李家儒：盾叶薯蓣高质量基因组解析与薯蓣皂苷生物合成进化The Crop Journal | 华南农业大学肖德琴：一种新的水稻穗多发育期自动识别算法The Crop Journal | 华南农业大学植物航天育种工程技术研究中心定位到正向调控水稻粒长QTLBMC Plant Biology | 南京农
目录Science Bulletin | 中国农科院作科所徐建龙&邱丽娟：大豆种质资源组学数据库SoyFGBv2.0搭建SCLS | 种康、贾继增等： 中国小麦基因组学和性状改良研究综述The Crop Journal | 中国农科院作科所：小麦穗数智能识别模型并验证其遗传应用价值Genome Research丨华中农大周扬：世界最大规
目录摘 要简介杂种优势表现在各种植物杂种的整个生命周期基因组变异为杂种优势提供了基本的遗传基础全基因组基因表达变化是杂种优势形成的分子机制群体基因组信息是挖掘杂种优势位点的优良资源结论 从杂交基因组到杂种优势性状输出：挑战与机遇 From hybrid genomes to heterotic
001、方法1 root@PC1:/home/test# ls a.txt test.py root@PC1:/home/test# cat a.txt ## 测试数据 #chromosome nc_accession gene gene_id ccds_id ccds_status cds_strand cds_from cds_to cds_loc
目录1. SNP芯片2. 简化基因组测序3. 全基因组低深度重测序 1. SNP芯片 目前最常用的全基因组SNP分型方法，主流的SNP芯片： Illumina Infinium技术。全基因组扩增，不需PCR，采用50 mer寡核苷酸探针退火，利用特异荧光基团判定基因型。 Axiom原位光刻技术（原Affymetrix公司，后被Thermo收购）。
目录摘要1 引言2 水稻的基因组预测工作2.1 总体概述2.2 水稻基因组预测的重要发现和目前的局限性2.2.1 重要的研究结果2.2.2 目前的局限性3 将基因组预测纳入水稻育种计划：关键点3.1 绘制育种策略图3.2 减少周期3.3 设计训练集3.4 生成和整合高质量的数据3.5 考虑到成本问题4 IRRI
001、 (base) root@PC1:/home/test# ls ## 测试数据及脚本 a.fasta test.py (base) root@PC1:/home/test# cat a.fasta ## 测试数据 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTCCGTTAATGCCGGCCGATTCAAATAA CCTCTGGCAACACCCGCTCCGGCAATGTATAGTTCACCG
001、 (base) root@PC1:/home/test# ls a.fasta test.py (base) root@PC1:/home/test# cat a.fasta ## 测试数据 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTCCGTTAATGCCGGCCGATTCAAATAA CCTCTGGCAACACCCGCTCCGGCAATGTATAGTTCACCGATACATCCAACAGGCAGCATC GGC
目录Science | 农科院作科所周文彬：水稻中转录因子OsDREB1C同时提高光合作用效率和氮素利用效率MP | 中国科学院昆明植物研究所吴建强：列当科植物的比较基因组学分析揭示了寄生植物的演化历史Nature Plants | 农科院作科所王天宇：现代玉米杂种优势群遗传改良与分化的基因组学基础Cell
综述 全基因组关联研究 全基因组关联研究的优点和局限性 多基因疾病性状的遗传相关性：从理论到实践 使用汇总关联统计分析复杂性状的遗传学 大规模遗传研究中的统计功效和显着性检验 通过统计精细映射从全基因组关联到候选因果变异 用于全基因组关联研究及其他方面的元分析方法 神
使用命令gffread -w test.fa -g GRCh38.primary_assembly.genome.fa test.gff3即可实现。 输入文件test.gff3如下所示： 记住：第三类可以写：transcript, protein, cds。不能写其他的字符，不然提取不了。 得到的输出文件test.fa如下所示：
目录PBJ | 中国农业科学院棉花研究所揭示表达新等位基因动态调控棉花纤维长度的分子机理Molecular Plant | 北京大学现代农业研究院张兴平：发表首个西瓜T2T基因组Plant Com | 江苏省农科院：找回棉花“丢失”的优质纤维和抗旱关键基因Mol Plant | 中国农科院基因组所：解析马铃薯品种“
神经元，又称神经细胞，是构成神经系统结构和功能的基本单位。通常情况下，哺乳动物的神经元类型是通过它们的结构、电生理学和连接性来识别的。因此，科学家们希望找到一种分子方法来直接鉴定出具有不同功能的神经元群体。早在2017就有科学家在Science上发表了一篇利用单细胞甲基
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。DNA甲基化在植物基因组中以CG、CHG和CHH三种碱基序列的胞嘧啶上发生（H=A，T或C），甲基化转移酶包括DRM，CMT和MET等。在植物中，DNA胞嘧啶的甲基化会导致基因表达的改变和转座因子的失活，修饰状态的改变可能产生具有不同表
如XP-EHH、XP-CLR、fst 参考来源群体遗传|根据SNP验证自然选择-XPCLR分析 (qq.com) 参考牛津大学Nick Hardin写的python3版本的XPCLR程序 XPCLR 英文全称是cross-population composite likelihood ratio ,跨群体的符合似然比检验，探究群体内多等位基因频率差异的方法。 中性突变，是
目录Cell | 黄学辉/黄三文/韩斌/李家洋受邀发表作物驯化育种的遗传学研究综述Mol Plant | 中国农科院夏兰琴/马有志：高效代理引导基因编辑器并在水稻中率先实现多基因精准编辑PBJ | 英国厄尔汉姆研究所：全基因组测序揭示了六倍体小麦渐渗系的基因组结构变异和转录组图谱Nature Plant
首先是一个SIRV的数据，论文中给出了AC：SRR5286959，在ebi中可以搜到相关链接，并下载fastq文件。 在ebi的页面下方，Study Accession的意思是研究相关的内容，打开页面可以看到来源于哪个物种。 然后可以在另一个网站（https://asia.ensembl.org/index.html）找到这个物种(Mouse)的参考基因组
目录长读长组装发展人类基因组T2T联盟CHM13-T2T基因组组装的最后挑战 长读长组装发展 2012：三代组装、二代校正；耗资源，适合小基因组，如细菌，4-15%错误率 2013：三代组装、三代校正；仍然只适用小的 2014：华夏一号（中国人三代参考基因组） 2016：Falcon/Falcon-Unzip，三代Pacbio二倍体真核生物 20
1、当参考基因组 大于2G时（约20亿个核苷酸，20,0000,0000）：bwa index -a bwtsw xxx.fa 小于2G时（约20亿个核苷酸，20,0000,0000）：bwa index xxx.fa 2、统计参考基因组碱基数目 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42
1、方式1 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# java -jar /home/software/picard/build/libs/picard.jar CreateSequenceDictionary R=Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.t
1、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# samtools faidx Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TA
motif分析——从实战到原理（Homer篇） 鹿无为关注 22020.04.07 12:46:04字数 3,398阅读 20,999 一、不求甚解系列 软件下载及配置 conda安装： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER软件的配置 # 下载配置文件 wget http://homer.salk.edu/ho
目录Genome Research | 上海交大&农科院作科所徐建龙：基于三代测序数据的水稻泛基因组构建及分析Plant Com|中国农科院作科所韩龙植&北京大学何航：籼稻血缘渗入对粳稻遗传改良的贡献PBJ | 四川农大卢艳丽：预测植物蛋白质点突变功能效应的机器学习工具PPVEDPlant Com | 新加坡南洋理工
来源 国家基因库大数据平台 在过去的几十年里，先进的宏基因组测序技术使得对人类微生物组的研究能够发现细菌组成与功能、疾病之间的病理关系。然而相关分析工具在诊断和治疗方面的应用仍需提高其准确性。近日，《Scientific reports》发表了一个新工具：MDL4Microbiome，其通过使
