标签：ImageJ 聚焦 ZEN 三维 立体 File Stack 图片

从二次元到三次元

众所周知，ImageJ可对Stack图像进行重建来构建三维立体模型（详见：老司机带你解锁ImageJ三维图像分析）。医学图像中CT层扫图片可重建为三维立体模型，共聚焦图片也可以进行Z-Stack层扫获得三维图片。最近有人问我如何使用ImageJ保存三维效果图，今天就给大家分享一些保存Stack图片三维效果的多种方法！

1

ImageJ保存三维图片

1、ImageJ 1.50b File -> Open打开Stack图片，Stack图片具备有三个空间维度：X，Y和Z。

2、Plugins -> 3D -> Volume Viewer，其三维效果如下：

Volume Viewer参数设置：Scale可调控三维体积显示的比例，可进行放大、缩小（当前Scale 1.74）：

Hide TF可以按照左侧各方向（XY、YZ、XZ）剖线显示三维剖面图：

除鼠标拖拽动三维效果图外，还可以通过Rotation的x、y、z值转动三维效果图。此外，点击xy、yz、xz可分别展示其在xy、yz、xz方向的视图：

3、点击Volume Viewer下Save View：

得到该图片的三维效果图，File -> Save as…保存图片即可。

2

蔡司ZEN软件保存三维图片


ZEN数字成像软件是是所有蔡司光学显微成像系统共用的用户界面。该软件能简单快速地提供结果，可以随时查看系统提供的备选方案和正确的操作步骤。

ZEN数字成像软件界面如下：

ZEN数字成像软件拍摄Stack图片需设置拍摄的起点（Set First）、终点（Set Last）与步进等：

File -> Open打开拍摄好的Stack图片Chromo：

点击3D，显示三维边框即可显示Stack图片三维效果图：

File -> Export导出三维图片，格式选择Tagged Image File，Data选择Full resolution image window-single plane，选择保存文件夹即可保存三维图片：

ZEN数字成像软件还可以显示2D图像：

拆分荧光通道（Split）：

Gallery可显示Stack图片中的所有层面，类似ImageJ中Image -> Stacks -> Make Montage操作：

Ortho常用来显示三维共定位，下图层扫共聚焦图片通过正交视图可显示BrdU与GAD在三维空间中存在共定位：

ImageJ中正交视图操作为Image -> Stacks -> Orthogonal Views，ZEN中点击Ortho导出图片即可：

Cut可以显示三维立体模型特定三维切面额剖面图：

今天就给大家分享了ImageJ、ZEN保存Stack图片三维效果的方法，简要介绍了ZEN数字成像软件的一些基本功能，希望对大家有所帮助！祝大家实验顺利！

参考文献：Prakash R, Somanath PR, El-Remessy AB, et al. Enhanced cerebral but not peripheral angiogenesis in the Goto-Kakizaki model of type 2 diabetes involves VEGF and peroxynitrite signaling. Diabetes. 2012;61(6):1533-42.

标签：ImageJ,聚焦,ZEN,三维,立体,File,Stack,图片
来源： https://blog.51cto.com/u_15127638/2776120

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