标签：检索 interaction lncRNA 互作 RNA 点击 miRNA 跳转

老实讲，我现在觉得mRNA头上有片大草原......

上期给大家介绍了用starBase研究miRNA与mRNA之间的interaction （点这里可看），这期给大家介绍用它来寻找miRNA与包括lncRNA、circRNA、sncRNA、假基因在内的非编码RNA之间的interaction。

进入网站 http://starbase.sysu.edu.cn/index.php 后，点击方框内的“miRNA-Target”可看到箭头所示的选项，根据你的目标点击，在此需要说明的是：miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、miRNA-pseudogene、miRNA-sncRNA四种类型的interaction检索操作方法是一样的。

以下主要以miRNA-lncRNA为例进行讲解：

左边的条件筛选框使用方法跟上期介绍的一样，在此只提醒大家一个筛选时候的严格度问题。

搜索时，主要是右边的结果展示内容存在差异，主要是因为starBase中miRNA-lncRNA的interaction是使用miRanda进行预测的，也就是只有一个软件的预测结果。

检索结果如下图所示：

点击” ENSG00000226029”，可跳转至如下网站以便于查看具体信息：

点击“LINC01772”，可查看具体结合信息

点击“chr1:16787797-16787817[+]”，可跳转至UCSC查看在基因组上的具体信息：

当使用“miRNA-circRNA”功能时，不同的主要是如下图所示，跳转的目标网站不一样，这个工具真是万能啊啊啊。

跳转后的界面如下：

关于miRNA与非编码RNA的interaction检索方法就到这里了，部分功能使用方法如上期介绍的一样，大家可以翻回去学习，多使用点击几次就熟悉啦，祝大家都能找到好结果！

标签：检索,interaction,lncRNA,互作,RNA,点击,miRNA,跳转
来源： https://blog.51cto.com/u_15127638/2775743

本站声明： 1. iCode9 技术分享网（下文简称本站）提供的所有内容，仅供技术学习、探讨和分享；
2. 关于本站的所有留言、评论、转载及引用，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关；
3. 关于本站的所有言论和文字，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关；
4. 本站文章均是网友提供，不完全保证技术分享内容的完整性、准确性、时效性、风险性和版权归属；如您发现该文章侵犯了您的权益，可联系我们第一时间进行删除；
5. 本站为非盈利性的个人网站，所有内容不会用来进行牟利，也不会利用任何形式的广告来间接获益，纯粹是为了广大技术爱好者提供技术内容和技术思想的分享性交流网站。