标签:star gtf -- 下载安装 rsem gencode annotation
star和rsem的下载安装
建立索引(鼠和人)40min
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M24/gencode.vM24.annotation.gtf.gz
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M24/GRCm38.primary_assembly.genome.fa.gz
建立索引
/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference -gtf ~/gene_annotation/gencode.vM24.annotation.gtf --star -p 8 ~/gene_annotation/GRCm38.primary_assembly.genome.fa ~/second_object/mus_ref/mus_gencode
nohup /home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference -gtf ~/gene_annotation/gencode.v31.annotation.gtf --star -p 8 ~/gene_annotation/GRCh38.primary_assembly.genome.fa ~/human_ref/human_gencode &
计算表达量
SE data:
nohup rsem-calculate-expression --star -p 8 --no-bam-output ./qc.fastq ~/ref/mus_ref/mus_gencode ./mus38_gencode &
PE data:
~/RSEM/bin/rsem-calculate-expression --paired-end --star -p 8 --no-bam-output ~/test/test_1.fastq ~/test/test_2.fastq ~/human_ref/human_gencode ~/test/pe/human38_gencode
作者:mmc_Caterpillar
链接:https://www.jianshu.com/p/b2df2ed0027b
来源:简书
著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。
标签:star,gtf,--,下载安装,rsem,gencode,annotation 来源: https://blog.csdn.net/qq_39306047/article/details/114805641
本站声明: 1. iCode9 技术分享网(下文简称本站)提供的所有内容,仅供技术学习、探讨和分享; 2. 关于本站的所有留言、评论、转载及引用,纯属内容发起人的个人观点,与本站观点和立场无关; 3. 关于本站的所有言论和文字,纯属内容发起人的个人观点,与本站观点和立场无关; 4. 本站文章均是网友提供,不完全保证技术分享内容的完整性、准确性、时效性、风险性和版权归属;如您发现该文章侵犯了您的权益,可联系我们第一时间进行删除; 5. 本站为非盈利性的个人网站,所有内容不会用来进行牟利,也不会利用任何形式的广告来间接获益,纯粹是为了广大技术爱好者提供技术内容和技术思想的分享性交流网站。