标签:files A10 picard jar mark 报错 MAX dup pool
最近使用picard时出现如下报错,记录一下
java.io.FileNotFoundException: (Too many open files)
运行代码如下:
java -jar picard.jar MarkDuplicates I=L-pool.A10.sort.rg.bam O=L-pool.A10.mark.dup.bam M=L-pool.A10.mark.dup.metrics VALIDATION_STRINGENCY=SILENT
解决办法
增加参数即可MAX_RECORDS_IN_RAM=1000000 MAX_FILE_HANDLES_FOR_READ_ENDS_MAP=1000
java -jar icard.jar MarkDuplicates I=L-pool.A10.sort.rg.bam O=L-pool.A10.mark.dup.bam M=L-pool.A10.mark.dup.metrics VALIDATION_STRINGENCY=SILENT MAX_RECORDS_IN_RAM=1000000 MAX_FILE_HANDLES_FOR_READ_ENDS_MAP=1000
标签:files,A10,picard,jar,mark,报错,MAX,dup,pool 来源: https://www.cnblogs.com/raisok/p/12492217.html
本站声明: 1. iCode9 技术分享网(下文简称本站)提供的所有内容,仅供技术学习、探讨和分享; 2. 关于本站的所有留言、评论、转载及引用,纯属内容发起人的个人观点,与本站观点和立场无关; 3. 关于本站的所有言论和文字,纯属内容发起人的个人观点,与本站观点和立场无关; 4. 本站文章均是网友提供,不完全保证技术分享内容的完整性、准确性、时效性、风险性和版权归属;如您发现该文章侵犯了您的权益,可联系我们第一时间进行删除; 5. 本站为非盈利性的个人网站,所有内容不会用来进行牟利,也不会利用任何形式的广告来间接获益,纯粹是为了广大技术爱好者提供技术内容和技术思想的分享性交流网站。