标签：bioinformatics blast linux c-4

我建立一个爆炸的本地数据库.但是,当我运行blastn命令时,出现以下错误消息：

T0 “/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c++/compilers/unix/../../src/algo/winmask/seq_masker_istat_factory.cpp”, line 170: Error: ncbi::CSeqMaskerIstatFactory::DiscoverStatType() – could not open

T0 “/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c++/compilers/unix/../../src/algo/winmask/seq_masker_istat_factory.cpp”, line 271: Error: ncbi::CSeqMaskerIstatFactory::create() – could not create a unit counts container

我正在使用此命令创建blast本地数据库：

makeblastdb -in chr23.fa -parse_seqids -dbtype nucl 

这是我执行blastn的命令：

blastn -task megablast -db HumanGenome/blastdb/chr23.fa -window_masker_taxid 9606 -query readBatch.txt -out blastOut.txt

任何帮助将不胜感激..谢谢

解决方法:

似乎您需要首先创建WindowMasker文件：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279687/

具体来说,链接内容提到了步骤1：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279681/#cookbook.Create_masking_information_usin_1

标签：bioinformatics,blast,linux,c-4
来源： https://codeday.me/bug/20191118/2025021.html

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