标签:help exons 五花八门 bed sample 质量 bamdst 软件 gene
1.bamdst -- a BAM Depth Stat Tool 对bam文件进行统计
安装bamdst https://github.com/shiquan/bamdst
git clone https://github.com/shiquan/bamdst.git
cd bamdst
make
make后直接help后,查看用法,有时候可能会提示bamdst不存在,本来已经存在了,还会这样报错。把其路径加入环境变量后,就可以了。
bamdst --help # ./bamdst --help
使用bamdst 对bed格式目标区域的捕获统计,查看结果中的region.tsv.gz
bamdst -p region.bed -o ./result in.bam
如果没有时候,可以用CCDS ,参考:https://www.jianshu.com/p/5a548c8df669
cat CCDS.20160908.txt |perl -alne '{/\[(.*?)\]/;next unless $1;$gene=$F[2];$exons=$1;$exons=~s/\s//g;$exons=~s/-/\t/g;print "$F[0]\t$_\t$gene" foreach split/,/,$exons;}'|sort -u |bedtools sort -i >exon_probe.hg38.gene.bed
ls ../alignment/*.bam|while read id;
do
file=$(basename $id )
sample=${file%%.*}
echo $sample
mkdir $sample
~/biosoft/bamdst/bamdst -p exon_probe.GRCh38.gene.bed -o $sample $id
done
2.samtools depth 计算每一个位点或者区域的测序深度并在标准显示设备中显示
samtools 还有很多其他用法,可以深入研究
3.用bedtools genomecov统计深度和覆盖度
bedtools其他用法
标签:help,exons,五花八门,bed,sample,质量,bamdst,软件,gene 来源: https://blog.csdn.net/Cassiel60/article/details/89026250
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