标签:gwas plink -- DESKTOP 卡方值 test home test4
001、
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out test 1> /etc/null ## 关联分析 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.map gwas_test.ped test.assoc test.log root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# head test.assoc CHR SNP BP A1 F_A F_U A2 CHISQ P OR 1 snp1 2802 G 0.08877 0.1094 T 1.296 0.255 0.7928 1 snp2 2823 T 0.07065 0.05472 C 1.166 0.2803 1.313 1 snp3 4512 G 0.07246 0.06038 A 0.6359 0.4252 1.216 1 snp4 16529 T 0.06159 0.04717 C 1.091 0.2962 1.326 1 snp5 16578 G 0.05978 0.06981 C 0.4494 0.5026 0.8472 1 snp6 16579 C 0.25 0.3019 A 3.648 0.05615 0.7708 1 snp7 16635 G 0.09239 0.08302 C 0.2966 0.586 1.124 1 snp8 20879 T 0.1341 0.1264 G 0.1394 0.7089 1.07 1 snp9 20908 C 0.1975 0.1358 T 7.369 0.006636 1.565
002、R语言中验证
dir() dat <- read.table("test.assoc", header = T) ## 读入数据 dim(dat) head(dat) p_verify <- vector() for (i in 1:nrow(dat)) { p_verify[i] <- (1 - pchisq(dat[i,8], df = 1)) } dat$p_verify <- p_verify tail(dat) cor(dat$P, dat$p_verify)
标签:gwas,plink,--,DESKTOP,卡方值,test,home,test4 来源: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/16479746.html
本站声明: 1. iCode9 技术分享网(下文简称本站)提供的所有内容,仅供技术学习、探讨和分享; 2. 关于本站的所有留言、评论、转载及引用,纯属内容发起人的个人观点,与本站观点和立场无关; 3. 关于本站的所有言论和文字,纯属内容发起人的个人观点,与本站观点和立场无关; 4. 本站文章均是网友提供,不完全保证技术分享内容的完整性、准确性、时效性、风险性和版权归属;如您发现该文章侵犯了您的权益,可联系我们第一时间进行删除; 5. 本站为非盈利性的个人网站,所有内容不会用来进行牟利,也不会利用任何形式的广告来间接获益,纯粹是为了广大技术爱好者提供技术内容和技术思想的分享性交流网站。