标签：sort mergeSAM 排序 Pro HiC 报错 bam xxxR1
报错信息
Forward and reverse reads not paired. Check that BAM files have the same read names and are sorted.
分析
提示是没有排序或者R1、R2没有配对，手动sort再分步运行HiC-Pro
samtools sort -@ 10 -n -m 10G -T temp1 xxxR1.bam > xxxR1.sort.bam
samtools sort -@ 10 -n -m 10G -T temp2 xxxR2.bam > xxxR2.sort.bam
mv xxxR1.sort.bam xxxR1.bam
mv xxxR1.sort.bam xxxR1.bam
注意
- 不能按染色体位置排序，因为HiC-Pro在处理HiC数据这一步需要配对关系，所以需要让R1、R2的bam按名称排序
- -m不能设置过低，HiC测序深度高的话会导致排序的过程文件过多而不能合并
- 最好设置-T，因为此时IO交互量很大
- 最后把排好序的文件按原来的名字修改命名
参考
标签：sort,mergeSAM,排序,Pro,HiC,报错,bam,xxxR1 来源： https://www.cnblogs.com/johnsonzzz/p/15716083.html
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