标签:fa NBS 模型 pep qua hmm ARC 构建
下载植物gff、cds、dna、pep
pfam中下载hmm模型
搜索基因家族并以1e-20筛选
hmmsearch --cut_tc --domtblout NBS-ABC.out NBS-ARC.hmm Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa
grep -v "#" NBS-ABC.out|awk '($7 + 0) < 1E-20'|cut -f1 -d " "|sort -u > NBS-ARC_qua_id.txt
less Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa | /home/jun_qzt/miniconda3/envs/rna-seq/bin/seqkit grep -f NBS-ARC_qua_id.txt > NBS-ARC_qua.fa
多序列比对,构建模型
/home/jun_qzt/miniconda3/envs/rna-seq/bin/clustalw
弹出clustalw的操作界面,以下展示具体输入过程:
选择1(输入待比对序列)→ 输入待比对序列的文件名:NBS-ARC_qua.fa → 选择2(开始进行序列比对)→选择9(选择输出比对结构的格式为aligned)→ 按enter键 → 选择1(选择比对模式为全局比对) → 指定输出的比对结果的文件名称:NBS-ARC_qua.aln → 回车后开始比对 → 输入一个树文件名(new GUIDE TREE file):NBS-ARC_qua.dnd (最后才能得到NBS-ARC.aln,否则NBS-ARC.aln为空)
hmmbuild NBS-ARC_qua.hmm NBS-ARC_qua.aln
hmmsearch --cut_tc --domtblout NBS-ARC.second.out NBS-ARC_qua.hmm Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa
再次筛选符合植物的序列
grep -v "#" NBS-ARC.second.out|awk '($7 + 0) < 1E-03' | cut -f1 -d " "|sort -u >final.NBS.list
less Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa.gz | /data1/spider/ytbiosoft/seqkit grep -f final.NBS.list > final_NBS-ARC_qua.fa
标签:fa,NBS,模型,pep,qua,hmm,ARC,构建 来源: https://www.cnblogs.com/qinziting/p/15575094.html
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