Linux 下安装MIMIC-IV

2021-04-28 12:30:25 阅读：705 来源： 互联网

标签：psql postgres Linux mimic IV MIMIC mimic4 sql iv

一、在服务器上装PostgreSQL数据库

1、yum命令安装：

在这里选择系统、版本（我选择的版本是12）等等，我这里使用yum命令安装，我这里的命令是：

yum install https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/reporpms/EL-6-x86_64/pgdg-redhat-repo-latest.noarch.rpm
yum install postgresql12
service postgresql-12 initdb
chkconfig postgresql-12 on
service postgresql-12 start

坑1-报错"Couldn’t resolve host ‘apt.sw.be’"
运行以下命令后重试

cd /etc/yum.repos.d/ 
mv rpmforge.repo rpmforge.repo.bak 
yum clean all 
yum install

2、apt-get安装PostgreSQL服务器和客户端

sudo apt-get install postgresql postgresql-client

3、PostgreSQL安装完成后默认是已经启动的

sudo /etc/init.d/postgresql start #开启 
sudo /etc/init.d/postgresql stop #关闭 
sudo /etc/init.d/postgresql restart #重启

4、创建数据库用户houls，并指定为超级用户

sudo -u postgres createuser --superuser username
\q退出psql

#安装git

sudo apt-get install git

#使用git下载mimic-iv

git clone https://github.com/MIT-LCP/mimic-iv.git

二、连接postgres

1、连接

psql -U txh -h localhost -p 5432 -d postgres

#刚开始每次都是这样连接的，其实倒也不用这么复杂，
psql postgres #直接就连接到默认用户 postgres,其密码默认为psql
常用的是下面这个，以houls的用户身份连接到postgres数据库，然后再在这个基础上连接创建的其他数据库

psql -U username -d postgres

2、创建数据库mimic

CREATE DATABASE mimic OWNER username;

3、连接mimic数据库

\c mimic;

4、在mimic4下创建mimic4 schema

CREATE SCHEMA mimic4; 
set search_path to mimic4;

三、使用git下载的脚本文件进行创建表、载入数据集的过程

1、使用git下载的mimic-iv脚本文件进行创建表、载入数据集

#官网直接给的样例，sql脚本文件直接默认是在当前目录，但是下载的包含sql的脚本文件的mimic-iv文件夹通常不在当前目录

psql 'dbname=mimic user=username options=--search_path=mimiciv' -f create.sql

需要修改命令，包含脚本所在目录

psql 'dbname=mimic user=username options=--search_path=mimic4' -f /home/txh/mimic-iv/buildmimic/postgres/postgres_create_tables.sql

#也就是说，postgres_create_tables.sql文件是放在/home/t/mimic-iv/buildmimic/postgres下的

这是官网给出的上面脚本运行成功的界面，可能会出现一些其他信息，比如删除warning什么的，都是正常。只要不是“找不到sql文件即可”

2、载入数据

psql 'dbname=mimic user=mimicuser options=--search_path=mimic4' -f postgres_load_data.sql -v mimic_data_dir='<path_to_data>'

我修改后使用，遇见了很多问题

psql 'dbname=mimic user=txh options=--search_path=mimic4' -f mimic-iv/buildmimic/postgres/load_gz.sql -v mimic_data_dir='mimiciv/0.4'

#mimic-iv/buildmimic/postgres目录下面有好几个解压脚本，如果数据已经解压则用load.sql文件就行，如果没有解压，则用load_gz.sql或者load_7z.sql任意一个都可以，看装了哪个解压工具
3、也可以先解压数据，再载入数据
#先解压

unzip /home/houls/MIMIC.zip

#得到的加压文件，可以发现该解压文件里面有很多gz压缩文件，
具体是进入该解压数据集

cd /home/houls/MIMIC

然后 ls命令，就可以看到MIMIC文件夹里面的具体内容
这个时候其实不用再解压了，因为之前下载的mimic-code脚本文件里面包含载入gz压缩文件的的脚本：postgres_load_data_gz.sql
但是我之前可能因为其他错误，没有运行成功，最后的方案是先解压所有的gz文件，

gunzip *gz

然后使用postgres_load_data.sql（这里我还使用cp把该sql文件复制到了/home/houls下）
最后执行的具体命令为：

psql 'dbname=mimic user=username options=--search_path=mimic4' -f postgres_load_data.sql -v mimic_data_dir='/home/txh/MIMIC'

数据导入成功的截图
在这里插入图片描述

4、建立索引

psql 'dbname=mimic user=txh options=--search_path=mimic4' -f mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql

在这里插入图片描述

5、验证数据完整性

psql 'dbname=mimic user=txh options=--search_path=mimic4' -f mimic-iv/buildmimic/postgres/constraints.sql

标签：psql,postgres,Linux,mimic,IV,MIMIC,mimic4,sql,iv
来源： https://blog.csdn.net/qq_41311259/article/details/116230938