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linux 中shell统计fasta文件中每条染色体上的碱基数目

2022-07-17 23:34:19  阅读:155  来源: 互联网

标签:CCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACC shell 1N42TVH sum DESKTOP lin


 

001、

root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# ls
test.fa
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# cat test.fa
>Chr1
ACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAACCCTAAAC
ACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAACCCTAAAC
>Chr2
ACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAAC
>Chr3
CCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACC
CCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACC
CCC
>Chr4
CCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACC
CCCTAAC
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# awk '{if($0 ~ /^>/) {print a, sum; a=$0; sum = 0} else {sum += length($0)}} END {print a, sum}' test.fa

>Chr1 100
>Chr2 37
>Chr3 103
>Chr4 57

 

标签:CCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACC,shell,1N42TVH,sum,DESKTOP,lin
来源: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/16488902.html

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