如何判定化石是祖先型等位基因还是突变型等位基因？
PS：不能挖到化石就说它是祖先。
可以和亲缘关系较近的物种进行序列比对，和近缘物种相同的就是祖先型，更大概率来自于更古老的祖先。
如何通过VCF文件鉴别群体的等位基因频率？
首先确定等位基因频率是一个群体的概念，也就是说不是每一个个体的VCF信息，而是一个群体的VCF文件，才有等位基因频率这一说法，在combine vcf文件中，每一个个体的基因型进行统计，才能得到这个群体的等位基因频率。注意到是一个个体是没有等位基因频率的，只有群体才有。
方法1.使用Vcftools
Vcftools –vcf file.vcf –frq –chr 1 –out filefreq
也可以使用某条染色体
Allele等位基因，一个个体就有一个基因型，但是这里C:0 、和T:1是什么意思呢？答:频率为100%
纯合型CC的频率是0和纯和型TT的频率是1？
--freq输出每个位点的等位基因频率，--freq2 抑制等位基因任何信息。
第二种用plink计算：
/path/to/plink-1.07-x86_64/plink --noweb --bfile file --freq --out filefrquency
frq (basic allele frequency report)
Produced by --freq. Valid input for --read-freq.
A text file with a header line, and then one line per variant with the following six fields:
|
CHR |
Chromosome code |
|
SNP |
Variant identifier |
|
A1 |
Allele 1 (usually minor) |
|
A2 |
Allele 2 (usually major) |
|
MAF |
Allele 1 frequency |
|
NCHROBS |
Number of allele observations |
原文链接：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/7565619.html
计算等位基因频率方法
vcftools --gzvcf $indir/four_pops_132goats.final.chr.mt.biallel.snp.vcf.gz \
--freq \
--out $outdir/four_pops_132goats_snps_freq
#等位基因数目，染色体的数目（染色体的数目×2就应该是总样本的所有染色体数，为什么比后者小呢，是因为有缺失的存在），后面是等位基因以及他的频率
后者直接从VCF文件中提取
Vcftools –vcf file.vcf –get-INFO AF –out xx.test
#AF,应该就是等位基因频率
标签：文件,vcf,VCF,--,等位基因,频率,freq 来源： https://www.cnblogs.com/2022-1102/p/16335125.html
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