如何在python中逐行并行读取两个文件？

2019-11-01 04:07:27 阅读：286 来源： 互联网

我一直在努力解决这一问题,但没有成功.

我有一个“原始文件”,我们称它为“ infile”,这是我要编辑的文件.
另外,我还有另一个充当“字典”的文件,我们称它为“ inlist”.

以下是infile的示例：

PRMT6   10505   Q96LA8  HMGA1   02829   NP_665906
WDR77   14387   NP_077007   SNRPE   00548   NP_003085
NCOA3   03570   NP_858045   RELA    01241   NP_068810
ITCH    07565   Q96J02  DTX1    03991   NP_004407

和inlist：

NP_060607   Q96LA8
NP_001244066    Q96J02
NP_077007   Q9BQA1
NP_858045   Q9Y6Q9

我当前的方法是在相应的列中拆分行,并通过现有的选项卡拆分行.
目的是读取infile的每一行并检查一些内容：

>如果在inlist的第一列中找到了infile的第三列中的元素,则将该元素更改为inlist的第二列中的相应元素
>如果在inlist的第二列中找到了infile的第三列中的元素,则不执行任何操作
> infile的第5列相同

这应该检索输出：

PRMT6   10505   Q96LA8  HMGA1   02829   Q(...)
WDR77   14387   Q9BQA1  SNRPE   00548   Q(...)
NCOA3   03570   Q9Y6Q9  RELA    01241   Q(...)
ITCH    07565   Q96J02  DTX1    03991   Q(...)

注意：并非所有代码都以Q开头

我已经尝试过使用while循环,但是没有成功,我很ham愧在这里发布代码(我是编程新手,所以我不想在游戏中这么早就灰心了) .
解决此问题的最佳方法是：

for line in inlist #, infile: <--- THIS PART! Reading both files, splitting both files, replacing both files...
        inlistcolumns = line.split('\t')
        infilecolumns = line.split('\t')
        if inlistcolumns[0] in infilecolumns[2]:
            outfile.write(str(infilecolumns[0]) + "\t" + str(infilecolumns[1]) + "\t" + str(inlistcolumns[1]) + "\t" + str(infilecolumns[3]) + "\t" + str(infilecolumns[4]) + "\t" + str(infilecolumns[5]) + "\n")
        elif inlistcolumns[0] in infilecolumns[5]:
            outfile.write(str(infilecolumns[0]) + "\t" + str(infilecolumns[1]) + "\t" + str(infilecolumns[2]) + "\t" + str(infilecolumns[3]) + "\t" + str(infilecolumns[4]) + "\t" + str(inlistcolumns[1]) + "\n")
        else:
            outfile.write('\t'.join(infilecolumns) + '\n')

帮助将不胜感激.谢谢！

好的,在Sephallia和Jlengrand的提示下,我得到了：

for line in infile:
    try:
    # Read lines in the dictionary
        line2 = inlist.readline()
        inlistcolumns = line.split('\t')
        infilecolumns = line.split('\t')
        if inlistcolumns[0] in infilecolumns[2]:
            outfile.write(str(infilecolumns[0]) + "\t" + str(infilecolumns[1]) + "\t" + str(inlistcolumns[1]) + "\t" + str(infilecolumns[3]) + "\t" + str(infilecolumns[4]) + "\t" + str(infilecolumns[5]))
        elif inlistcolumns[0] in infilecolumns[5]:
                outfile.write(str(infilecolumns[0]) + "\t" + str(infilecolumns[1]) + "\t" + str(infilecolumns[2]) + "\t" + str(infilecolumns[3]) + "\t" + str(infilecolumns[4]) + "\t" + str(inlistcolumns[1]))
        else:
                    outfile.write('\t'.join(infilecolumns))
    except IndexError:
        print "End of dictionary reached. Restarting from top."

问题在于,显然if语句没有完成其工作,因为输出文件仍然等于输入文件.我做错了什么？

编辑2：

如某些人所问,完整代码如下：

    import os

def replace(infilename, linename, outfilename):
    # Open original file and output file
    infile = open(infilename, 'rt')
    inlist = open(linename, 'rt')
    outfile = open(outfilename, 'wt')

    # Read lines and find those to be replaced
    for line in infile:
        infilecolumns = line.split('\t')
        line2 = inlist.readline()
        inlistcolumns = line2.split('\t')
        if inlistcolumns[0] in infilecolumns[2]:
            outfile.write(str(infilecolumns[0]) + "\t" + str(infilecolumns[1]) + "\t" + str(inlistcolumns[1]) + "\t" + str(infilecolumns[3]) + "\t" + str(infilecolumns[4]) + "\t" + str(infilecolumns[5]))
        elif inlistcolumns[0] in infilecolumns[5]:
            outfile.write(str(infilecolumns[0]) + "\t" + str(infilecolumns[1]) + "\t" + str(infilecolumns[2]) + "\t" + str(infilecolumns[3]) + "\t" + str(infilecolumns[4]) + "\t" + str(inlistcolumns[1]))
        outfile.write('\t'.join(infilecolumns))

    # Close files
    infile.close()
    inlist.close()
    outfile.close()


if __name__ == '__main__':
    wdir = os.getcwd()
    outdir = os.path.join(wdir, 'results.txt')
    outname = os.path.basename(outdir)
    original = raw_input("Type the name of the file to be parsed\n")
    inputlist = raw_input("Type the name of the libary to be used\n")
    linesdir = os.path.join(wdir, inputlist)
    linesname = os.path.basename(linesdir)
    indir = os.path.join(wdir, original)
    inname = os.path.basename(indir)

    replace(indir, linesdir, outdir)

    print "Successfully applied changes.\nOriginal: %s\nLibrary: %s\nOutput:%s" % (inname, linesname, outname)

要使用的第一个文件是hprdtotal.txt：https://www.dropbox.com/s/hohvlcdqvziewte/hprdmap.txt
第二个是hprdmap.txt：https://www.dropbox.com/s/9hd0e3a8rt95pao/hprdtotal.txt

希望这可以帮助.

解决方法:

这样的东西行不通吗？

(按照您的代码段)

for line in infile: # read file 1 one line after the other
        try
            line2 = inlist.readline() # read a line of file 2
        catch Exception:
            print "End of file 2 reached"
        inlistcolumns = line.split('\t')
        infilecolumns = line.split('\t')
        if inlistcolumns[0] in infilecolumns[2]:
            outfile.write(str(infilecolumns[0]) + "\t" + str(infilecolumns[1]) + "\t" + str(inlistcolumns[1]) + "\t" + str(infilecolumns[3]) + "\t" + str(infilecolumns[4]) + "\t" + str(infilecolumns[5]) + "\n")
        elif inlistcolumns[0] in infilecolumns[5]:
            outfile.write(str(infilecolumns[0]) + "\t" + str(infilecolumns[1]) + "\t" + str(infilecolumns[2]) + "\t" + str(infilecolumns[3]) + "\t" + str(infilecolumns[4]) + "\t" + str(inlistcolumns[1]) + "\n")
        else:
            outfile.write('\t'.join(infilecolumns) + '\n')

我真的不明白为什么不先将文件保存在内存中,然后再进行简单的模式研究.
我有适当的理由让您同时读取两个文件吗？ (文件1的第45行与文件2的第45行匹配吗？)

标签：dictionary,python
来源： https://codeday.me/bug/20191101/1980949.html

本站声明： 1. iCode9 技术分享网（下文简称本站）提供的所有内容，仅供技术学习、探讨和分享；
2. 关于本站的所有留言、评论、转载及引用，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关；
3. 关于本站的所有言论和文字，纯属内容发起人的个人观点，与本站观点和立场无关；
4. 本站文章均是网友提供，不完全保证技术分享内容的完整性、准确性、时效性、风险性和版权归属；如您发现该文章侵犯了您的权益，可联系我们第一时间进行删除；
5. 本站为非盈利性的个人网站，所有内容不会用来进行牟利，也不会利用任何形式的广告来间接获益，纯粹是为了广大技术爱好者提供技术内容和技术思想的分享性交流网站。

ICode9

如何在python中逐行并行读取两个文件？