python – 将具有属性和边缘的节点从DataFrame加载到NetworkX

2019-10-04 23:55:57 阅读：625 来源： 互联网

我是使用Python处理图形的新手：NetworkX.到现在为止我使用过Gephi.标准步骤(但不是唯一可行的)是：

>从表格/电子表格加载节点信息;其中一列应该是ID,其余的是关于节点的元数据(节点是人,因此性别,组…通常用于着色).喜欢：

id;NormalizedName;Gender
per1;Jesús;male
per2;Abraham;male
per3;Isaac;male
per4;Jacob;male
per5;Judá;male
per6;Tamar;female
...

>然后从表/电子表格加载边缘,使用与节点电子表格的列ID中的节点相同的名称,通常有四列(目标,来源,重量和类型)：

Target;Source;Weight;Type
per1;per2;3;Undirected
per3;per4;2;Undirected
...

这是我拥有的两个数据帧,我想用Python加载它们.阅读关于NetworkX,似乎不太可能将两个表(一个用于节点,一个用于边缘)加载到同一个图表中,我不确定最好的方法是什么：

>我是否应该仅使用DataFrame中的节点信息创建图形,然后添加(追加)来自其他DataFrame的边缘？如果是这样,并且因为nx.from_pandas_dataframe()需要有关边的信息,我想我不应该用它来创建节点……我应该只是将信息作为列表传递？
>我是否应该仅使用DataFrame中的边信息创建图形,然后将来自其他DataFrame的信息作为属性添加到每个节点？有没有比迭代DataFrame和节点更好的方法呢？

解决方法:

使用nx.from_pandas_dataframe从边表创建加权图：

import networkx as nx
import pandas as pd

edges = pd.DataFrame({'source' : [0, 1],
                      'target' : [1, 2],
                      'weight' : [100, 50]})

nodes = pd.DataFrame({'node' : [0, 1, 2],
                      'name' : ['Foo', 'Bar', 'Baz'],
                      'gender' : ['M', 'F', 'M']})

G = nx.from_pandas_dataframe(edges, 'source', 'target', 'weight')

然后使用set_node_attributes从字典添加节点属性：

nx.set_node_attributes(G, 'name', pd.Series(nodes.name, index=nodes.node).to_dict())
nx.set_node_attributes(G, 'gender', pd.Series(nodes.gender, index=nodes.node).to_dict())

或者迭代图形以添加节点属性：

for i in sorted(G.nodes()):
    G.node[i]['name'] = nodes.name[i]
    G.node[i]['gender'] = nodes.gender[i]

更新：

从nx 2.0开始,nx.set_node_attributes的参数顺序为changed：(G,values,name = None)

使用上面的例子：

nx.set_node_attributes(G, pd.Series(nodes.gender, index=nodes.node).to_dict(), 'gender')

标签：python,pandas,graph,networkx
来源： https://codeday.me/bug/20191004/1854473.html

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