标签：python awk bioinformatics biopython

我有一个文本文件,其中包含蛋白质序列(200个序列),如下所示.

>ptn1
AAGHM
>ptn2
MGLKKRR

我需要为seqence的每个字符提供以下值,并且必须找到每个序列的平均值.

A= 0.2, G= 0.5, L=0.14, M= 0.70, R= 0.55, C=0.48, H= 1.00 , K=0.4

期望的输出

ptn1  - 0.52
ptn2  - 0.462

我怎么能用awk或python做到这一点？

您的建议将不胜感激

解决方法:

FS =“”需要gawk
http://www.gnu.org/software/gawk/manual/html_node/Single-Character-Fields.html#Single-Character-Fields
用法：
awk -f foo.awk foo.txt

BEGIN {
    FS=""
    k["A"]=0.2; k["G"]=0.5; k["L"]=0.14; k["M"]=0.70
    k["R"]=0.55; k["C"]=0.48; k["H"]=1.00; k["K"]=0.4
}

/^>/{
    $1=""
    name=$0
    next
}

{
    s=0
    for (i=1; i<=NF; i++) {
      s+=k[$(i)]
    }
    printf "%s - %.3f\n", name, s/NF
}

标签：python,awk,bioinformatics,biopython
来源： https://codeday.me/bug/20190715/1469566.html

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